Zusätzlich wurde an drei Stellen die Wasserqualität über den Zeitraum eines Jahres beobachtet. Die Proben wurden einerseits mit Standardmethoden auf Basis sogenannter Indikatorbakterien analysiert, andererseits mit molekulargenetischen Methoden. Letztere erlauben eine Unterscheidung anhand des Erbguts zwischen menschlichen und tierischen Fäkalien. Das wenig schmackhafte Ergebnis: Zwischen 80 und 92 Prozent der Proben, in denen mikrobielle Fäkalbelastungen festgestellt wurden, gehen auf den Menschen zurück. Die Rolle von Weidevieh und intensiver Schweinehaltung entlang des Flusses war überall vergleichsweise gering. Nichtsdestotrotz habe die Donau "eine sehr gute mikrobiologische Qualität" - sei also nach wie vor überaus sauber.